[レベル: 上級]
JavaScript で DOM を操作してクライアントサイドでレンダリングした rel="canonical" は Google には無視されます。
rel="canonical" 以外のほかのタグはどうなのでしょうか？
同じように無視されるのでしょうか？
それともきちんと認識されるのでしょうか？
無視されるのは rel=”canonical” と rel=”amphtml” だけ
Google の John Mueller（ジョン・ミューラー）氏によれば、rel="canonical" と rel="amphtml" だけが無視されるようです。
この2つのタグに関しては、生 HTML での配信が要求されます。
一方で同じ link 要素であっても、hreflang と rel="prev/next" に関しては、クライアント側のレンダリングで挿入しても Google には想定どおり処理されるようです。
AFAIK it's just rel=canonical & rel=amphtml.
— John ☆.o(≧▽≦)o.☆ (@JohnMu) 2018年5月29日
AFAIK only rel=canonical & rel=amphtml
— John ☆.o(≧▽≦)o.☆ (@JohnMu) 2018年5月29日
ということで、rel="canonical" と rel="amphtml" に限っては、初期状態で存在するように構成してください。
title タグと meta description タグは挿入可能
補足しておくと、 title タグと meta description タグはクライアントサイドでのレンダリングが可能です。
たとえばタグマネージャを利用して動的に挿入しても Google がレンダリングしインデックスしてくれます。
推奨するつもりはありませんが、こちらは正しく実装できれば問題ないということで付け足しておきます。